A história do Castillo de Santa Cecilia remonta a alguns séculos, quando originalmente os terrenos onde se localiza pertenciam à hacienda de beneficio de San Francisco Javier por volta do ano de 1686, cujas instalações de beneficiamento situavam-se onde hoje é a colonia San Javier; ali centenas de trabalhadores, sob ordens do Vice-rei da Nova Espanha, realizavam as tarefas de beneficiar o metal que vinha de algumas minas próximas. Com o tempo e o advento de novos métodos de trabalho, as condições e a conformação da hacienda foram mudando, o que originou a decadência deste centro de trabalho e sua produção mineradora reduziu-se ao mínimo.
Só muitos anos depois a hacienda de San Francisco Javier voltou a recuperar parte de seu antigo esplendor e, em 27 de outubro de 1881, foi visitada pelo General Porfirio Díaz e pelo governador Manuel Muñoz Ledo, que elogiaram a forma de trabalho. Na mina eram pesados à entrada e à saída, para comprovar que não levassem nem um grama do metal produzido. O Gral. Díaz pesou exatamente o mesmo ao entrar e ao sair, não assim outros personagens que o acompanhavam.
Infelizmente, a produção mineradora entrou em declínio em todo Guanajuato e muitas das haciendas de beneficiamento de metais desapareceram ou reduziram suas atividades. Parte das instalações da hacienda San Francisco Javier foi adaptada para oferecer vários serviços e assim, em 1916, tornou-se abrigo e hospital, permanecendo nessas condições por um ano, até que por falta de viabilidade foi completamente fechada.
A propriedade foi adquirida por Don Manuel Quezada Brandy. Ela incluía também uma grande extensão de terreno, onde havia inclusive um poço de mina já abandonado, conhecido como “Santa Cecilia”, e assim foi que em 17 de maio de 1951 começou a construir um hotel com as características de um castelo medieval.
Inaugurado em 1952, a fama do hotel cresceu; ali hospedaram-se importantes personalidades enquanto se realizavam suntuosos bailes e cerimônias em seus salões, que recebiam políticos, artistas de fama internacional, bem como o que havia de mais seleto na sociedade de Guanajuato.
Manuel Quezada Brandy iniciou o hotel em sua primeira etapa com a construção de 20 quartos; em uma segunda etapa Don Ricardo Orozco ampliou o hotel para 80 quartos e, atualmente, Alfonso García García e sua família o reacondicionaram em todas as suas instalações e aumentaram o total de quartos para 110 unidades.
Nas instalações do hotel foram filmados vários filmes e programas de TV, entre outros:
Também se hospedaram em diferentes épocas, entre outros personagens: Carlos de Borbón e Doña Sofía (Reis da Espanha)