Die Geschichte des Castillo de Santa Cecilia reicht mehrere Jahrhunderte zurück. Ursprünglich gehörte das Gelände um 1686 zur Aufbereitungs-Hacienda San Francisco Javier; die Arbeitsanlagen lagen dort, wo sich heute die Kolonie San Javier befindet. Hunderte Arbeiter führten unter den Weisungen des Vizekönigs von Neuspanien die Arbeiten der Metallaufbereitung aus, wobei das Erz aus nahegelegenen Minen herbeigebracht wurde. Mit der Zeit und dem Aufkommen neuer Aufbereitungsmethoden änderten sich die Bedingungen und die Struktur der Hacienda, was zum Niedergang dieses Arbeitszentrums führte und die Bergbauproduktion auf ein Minimum reduzierte.
Erst viele Jahre später gewann die Hacienda San Francisco Javier teilweise ihren früheren Glanz zurück. Am 27. Oktober 1881 wurde sie vom General Porfirio Díaz und dem Gouverneur Manuel Muñoz Ledo besucht, die die Arbeitsweise lobten. Im Bergwerk wurde bei Ein- und Ausgang gewogen, um sicherzustellen, dass kein Gramm des erzeugten Metalls mitgenommen wurde. General Díaz wog beim Betreten und Verlassen exakt gleichviel, bei einigen Begleitpersonen war das jedoch nicht der Fall.
Leider ging die Bergbauproduktion in ganz Guanajuato zurück und viele Aufbereitungs-Haciendas verschwanden oder reduzierten ihre Aktivitäten. Teile der Anlagen der Hacienda San Francisco Javier wurden für verschiedene Dienste umgestaltet, sodass sie 1916 als Herberge und Hospital diente; ein Jahr lang blieb sie in diesem Zustand, bis sie aus Kostengründen vollständig geschlossen wurde.
Die Liegenschaft wurde von Don Manuel Quezada Brandy erworben. Sie umfasste außerdem ein großes Gelände, auf dem sich sogar ein bereits stillgelegter Schacht befand, bekannt als „Santa Cecilia“. So begann er am 17. Mai 1951 mit dem Bau eines Hotels im Stil einer mittelalterlichen Burg.
Nach seiner Eröffnung 1952 wuchs der Ruhm des Hotels. Bedeutende Persönlichkeiten wohnten dort, während in seinen Salons prächtige Bälle und Zeremonien stattfanden, an denen Politiker, international bekannte Künstler und die Crème de la Crème der Gesellschaft von Guanajuato teilnahmen.
Manuel Quezada Brandy begann das Hotel in einer ersten Phase mit dem Bau von 20 Zimmern. In einer zweiten Phase vergrößerte Don Ricardo Orozco das Hotel auf 80 Zimmer, und heute haben Alfonso García García und seine Familie sämtliche Anlagen renoviert und die Gesamtzahl der Zimmer auf 110 Einheiten erhöht.
In den Hotelanlagen wurden mehrere Filme und TV-Programme gedreht, unter anderem:
Zu verschiedenen Zeiten logierten dort außerdem unter anderem folgende Persönlichkeiten: Carlos de Borbón und Doña Sofía (Könige von Spanien)