L'histoire du Château de Santa Cecilia remonte à plusieurs siècles, lorsque les terrains où il se situe appartenaient à l'origine à l'hacienda de traitement San Francisco Javier vers l'année 1686, dont les installations de travail se trouvaient là où se trouve aujourd'hui le quartier San Javier ; là, des centaines d'ouvriers sous les ordres du Vice-roi de la Nouvelle-Espagne effectuaient les travaux de traitement du métal provenant de quelques mines voisines. Avec le temps et l'avènement de nouveaux procédés de travail, les conditions et la configuration de l'hacienda ont évolué, ce qui a entraîné le déclin de ce centre d'activités et la production minière y a été réduite au minimum.
Ce ne sera que de nombreuses années plus tard que l'hacienda San Francisco Javier retrouvera une partie de son ancien lustre et, le 27 octobre 1881, elle est visitée par le général Porfirio Díaz et le gouverneur Manuel Muñoz Ledo, qui font l'éloge de la manière dont on y travaillait. À la mine, on les pesait à l'entrée et à la sortie, pour vérifier qu'ils n'emportaient pas un gramme du métal produit. Le général Díaz pesa exactement la même chose à l'entrée et à la sortie, contrairement à d'autres personnes qui l'accompagnaient.
Malheureusement, la production minière déclina dans tout Guanajuato et beaucoup d'haciendas de traitement des métaux disparurent ou réduisirent leurs activités. Une partie des installations de l'hacienda San Francisco Javier fut aménagée pour fournir divers services et ainsi, en 1916, elle devint un refuge et un hôpital, restant dans cet état pendant un an, jusqu'à ce qu'elle soit complètement fermée pour des raisons de non-rentabilité.
La propriété fut acquise par Don Manuel Quezada Brandy. Elle comprenait en outre une grande étendue de terrain, où se trouvait même un puits de mine déjà abandonné, connu sous le nom de « Santa Cecilia » et c'est ainsi que, le 17 mai 1951, il commença à construire un hôtel aux caractéristiques d'un château médiéval.
Inauguré en 1952, la renommée de l'hôtel croît ; des personnalités importantes y séjourneront tandis que de somptueux bals et cérémonies se tiennent dans ses salons, auxquels assistaient des hommes politiques, des artistes de renommée internationale ainsi que le gratin de la société guanajuatense.
Manuel Quezada Brandy démarra l'hôtel dans sa première phase avec la construction de 20 chambres ; dans une seconde phase, Don Ricardo Orozco porta l'hôtel à 80 chambres et aujourd'hui Alfonso García García et sa famille l'ont réaménagé dans toutes ses installations et augmenté le total des chambres à 110 unités.
Plusieurs films et émissions de télévision ont été tournés dans l'enceinte de l'hôtel, parmi lesquels :
Différentes époques ont également vu le séjour, entre autres, des personnages suivants : Carlos de Borbón et Doña Sofía (rois d'Espagne)